L’un des bénéfices indirects les plus importants du lait maternel est le développement postnatal du système immunitaire. Malgré que cet effet ait une origine multifactorielle, il est largement accepté que l’entièreté des micro-ogranismes présents dans l’intestin du nourrisson constitue elle aussi un facteur majeur de stimulation de ce développement. L’effet du lait maternel sur la flore intestinale n’est pas attribué seulement à un composé unique: certains arguments suggèrent l’implication des oligosaccharides qu’il contient, en tant que prébiotiques. Une multitude d’essais ont été menés pour influencer la flore intestinale par l’alimentation: plusieurs études avaient montré que des oligosaccharides d’une autre origine que le lait maternel peuvent également avoir un effet prébiotique et stimuler le développement postnatal du système immunitaire.